در بازی فکری دو خان ، داستان بازی به سالیان دور و در سرزمینی دور افتاده برمیگردد. پادشاه روزهای آخر عمرش را میگذراند و هیچ جانشینی برای تاج و تخت ندارد به همین خاطر دوتا از خانهای بنام سرزمینش را دعوت میکندو خان شمال و خان جنوب، تا از بینشان یک نفر را به عنوان جانشین انتخاب نماید.
دوخان در راه قصر پادشاه، در کاروانسرایی مرموز، همزمان با هم اقامت دارند. حالا تا صبح وقت دارند که خان دیگر را پیدا و سر به نیست کنند تا تنها گزینه برای تاج و تخت باشند!